超濾裝置在運行過程中，膜的污堵是最大的問題，也是超濾裝置最常見的問題之一。污染主要表現為：產水量降低、產水品質變差，同時伴隨著進水壓力增加，跨膜壓差增大，并有一定的斷絲現象，跨膜壓差越大，斷絲現象會越嚴重。
超濾系統發生污堵的原因：
（1）超濾進水溫度過低，導致運行阻力增加；
（2）由于原水污染、菌藻過多等原因造成超濾膜污堵，即進水的SDI過高，造成超濾污堵；
（3）超濾進水流量增大，超過了濾膜的產水能力；
（4）進水壓力偏大，為了提高產水量，人為提高超濾的進水壓力。
當超濾污染時，會對RO系統產生很大影響，造成污堵增加，主要表現在以下幾個方面：
（1）水質惡化，SDI值變高或超標，SDI值測試膜片顏色變深；
（2）造成反滲透膜發生污堵，導致反滲透系統產水率迅速下降；
（3）當UF污染嚴重時，會使UF內產生一層“海綿”體，當化學清洗時，在沖洗時殘留NaOH或次氯酸鈉不能及時沖洗干凈，會緩慢釋放，這會給后續RO系統帶來嚴重危害。
因此在超濾運行中一般設計都具有正沖、反沖及常規的在線自動調節pH浸泡清洗，一般為20min至1h一次反沖洗；8h以上進行一次低pH或高pH清洗，調節pH清洗時，一般采用10min浸泡，然后進行物理沖洗，當用堿液浸泡時常加入一定量的NaClO，以增強清洗效果。
膜的過濾模式分為死端及錯流兩種。死端過濾又稱全流過濾，指液體流向與膜表面成垂直方向，過濾液透過膜后，截留物全部沉積在膜表面。這種過濾模式的堵塞機率較高，一般適合于低濁度低懸浮物含量的水質。而錯流過濾可以實現超濾裝置的連續運作，同時可以適應處理大流量的規模要求。錯流過濾，水流動平行于濾膜表面，在濾膜表面可形成較大的剪切力，造成膜污染物始終處于懸浮狀態，降低濃差極化帶來的影響，減少微粒和溶質在膜面的沉積，減輕膜污染，因此，錯流模式對給水水質的適應性較強。另外，增加錯流流速還可以提高臨界通量。
當TMP增加到一定的時候，通過錯流和反洗仍無法恢復時，可采用化學清洗方式來恢復膜的通量。通過與一定劑量的化學藥劑的接觸，并在大流量的清洗作用下，膜表面以及膜孔的污染物都可被清除，從而恢復膜的通量。
大部分超濾設備采用中空纖維膜絲，在運行過程中發生微量斷絲是常見的現象。斷絲一般是由于膜絲污堵、反沖力等多種原因引起的。一個元件內裝有上萬根膜絲，少量的斷絲不會立即影響水質，因此，運行中不易察覺。但是，一旦發現產水質量變化，應迅速確定斷絲的準確位置，以采取相應的措施。
斷絲的處理一般是找出破損的膜絲，進行封堵。如果斷絲或被封堵的膜絲量增加到一定程度（大于10%），則需更換整個元件。
